Antoni Van Leeuwenhoek a réalisé ces dessins, dans les années 1670, de petits organismes qu’il a vus dans son microscope en observant de la plaque prélevée sur des dents. La plupart des études misent sur la méthode de culture – des échantillons de microbes sont prélevés sur le terrain et cultivés en laboratoire sur une gélose. «Mais seulement certaines bactéries vont se développer dans ces conditions, lance la Dre Mark Welch. Cela signifie que nous étudions un nombre limité de bactéries. » Limité jusqu’à quel point? Seul un dixième de 1 % des microbes peuvent être cultivés à partir des méthodes traditionnelles. Dans un échantillon de sol contenant 1000 sortes différentes de microbes, une seule se développera en laboratoire. «Ce phénomène s’appelle la grande anomalie du dénombrement sur lame, précise-t-elle, parce que nous savons qu’il y a davantage de bactéries que ce que nous arrivons à compter sur nos lames de microscope. » dépositaire de la base de données. Environ les deux tiers de ces bactéries sont cultivables. Le Dr Dewhirst fait aujourd’hui porter ses travaux de recherche sur l’autre tiers pour que nous puissions avoir un tableau aussi complet que possible du microbiome buccal. » La mission Le groupe de recherche de Jessica Mark Welch travaille à comprendre la structure et la fonction des communautés bactériennes dans la bouche. Les membres étudient comment les différentes bactéries sont interreliées et quel est leur effet sur la santé humaine. «Certaines bactéries vivraient toujours aux côtés d’autres types de bactéries; il y aurait une relation nécessaire entre les deux, ce qui expliquerait que certaines ne se développent pas en culture, avance-t-elle. L’habitat naturel des bactéries se trouve dans cet énorme biofilm complexe, qui réunit toutes sortes de bactéries se développant dans une matrice qu’elles fabriquent. Un type de bactérie sécrète probablement des métabolites et des substances chimiques, de sorte que les bactéries à ses côtés savent qu’elles peuvent en bénéficier sans avoir besoin d’en fabriquer elles-mêmes. » Entre 1970 et le début des années 1990, les chercheurs ont commencé à utiliser le séquençage des gènes pour identifier les bactéries non cultivables. « Ils ont utilisé un gène présent dans tout organisme, l’ARN ribosomique (ARNr), explique la Dre Mark Welch. En comparant ces gènes, ils ont pu identifier des bactéries qu’ils n’avaient jamais vues auparavant. » Le Dr Floyd Dewhirst, un collègue de Jessica Mark Welch à l’Institut Forsyth de l’ADA, a fait de la recherche d’avantgarde sur la diversité, la capacité génétique et le potentiel pathogène d’organismes dans la bouche. Il a utilisé le séquençage du gène de l’ARNr 16S pour les microbes buccaux cultivés et encore non cultivés afin d’identifier les bactéries buccales et d’en établir la taxinomie, c’est-àdire la classification biologique. Le Dr Dewhirst est devenu le premier conservateur de la Base de données sur le microbiome buccal humain, qui compte actuellement près de 700 espèces de bactéries humaines. «Cette base de données comprend la séquence d’ARNr et un nom pour toutes les bactéries, ce qui fait que nous arrivons à reconnaître les bactéries que nous voyons. Une fois qu’une bactérie obtient un nom stable, nous pouvons l’étudier, déclare la Dre Mark Welch, aujourd’hui L’habitat naturel des bactéries se trouve dans cet énorme biofilm complexe, qui réunit toutes sortes de bactéries se développant dans une matrice qu’elles fabriquent. 25 Numéro 1 | 2024 | Point de mire
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